近年來，云南省大理白族自治州祥云縣林業和草原局通過摸底調查，編制整合優化預案，多舉措開展自然保護地整合優化工作，為構建科學合理的自然保護地體系，確保重要自然生態系統、自然遺跡、自然景觀和生物多樣性得到系統性保護奠定基礎。
通過摸底調查，祥云縣查清現有自然保護地資源、管理現狀和存在的問題，決定采取評估論證、整合優化等方式解決現有自然保護地交叉重疊、保護空缺、歷史遺留和現實矛盾沖突突出等問題。于2020年與云南省林業調查規劃院大理分院共同開展自然保護地整合優化預案編制工作，整合優化現有自然保護地。
根據優化預案進行整合后，祥云縣自然保護地由原來的三個整合優化為兩個，自然保護地面積由原來的14684.57公頃，增加到23728.89公頃，整合后的自然保護地面積占國土面積的比例達9.75%。形成一個國家森林自然公園和一個國家風景自然公園。
其中，云南清華洞國家森林自然公園由祥云水目山州級自然保護區和云南清華洞國家森林公園優化整合而成。原保護地內林農交錯，基本農田、耕地、人工集體商品林等歷史遺留問題和矛盾較多。調整后減少了現有的歷史遺留問題和現實矛盾沖突，特別對一些村莊、永久基本農田等嚴重矛盾沖突斑塊進行調整，將極大緩解管理方面的壓力。（賈孟剛 楊躍武）